La trama principal se centra en Harudori Tusugumi, una joven estudiante japonesa, que cuando descubre que es un arma, decide asistir la Escuela Shibusen para aprender a controlar sus poderes, allí se encuentra con Anya, Meme y todos sus compañeros de escuela.

A diferencia de la historia original de Soul Eater la mayor parte de la historia hasta ahora habla sobre vida de internado en la academia, desarrollada en el mundo de Soul Eater.