School Days: Makoto Itō viaja a la escuela en tren todos los dias. Al comienzo de su segundo período, se enamora de una chica, llamada Kotonoha Katsura, quien asiste a la misma escuela y viaja en el mismo transporte, pero no están en la misma clase. Haciendo caso a una leyenda urbana le toma una fotografía con su teléfono móvil (si tienes la fotografía de la persona que te guste y nadie se da cuenta tu amor se hará realidad). Su compañera de banco, Sekai Saionji, observa la foto durante una clase y se compromete a ayudarlo en concretar una relación amorosa con Kotonoha, a pesar del hecho de que, aunque Makoto no lo sabe, Sekai está enamorada de él. Así, los tres terminan vinculados en un triángulo amoroso un trio.