Naruto quiere ser el mejor ninja en la tierra. La acción comienza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la serie anterior pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha. Naruto sabe que debe entrenar más fuerte que nunca y deja su pueblo para hacer ejercicios intensos que lo llevarán a sus límites.